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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿机体统常用见的慢性病的一个。肾策划 中CaOx多晶体过饱和状态累积会从而导致肾小管生殖细胞损害和凋亡,得以从而导致肾结石的组成。短链脂质酸由直肠内水解酸化池有害菌发孝伙食纤维棉发生,不止在小面积的直肠天然屏障中充分利用用处,又很在机体统能力上也充分利用关健用处。表中,丁酸是最丰富的的短链脂质酸,存在免疫抗体克制和免疫抗体克制用处,本学习浅谈丁酸对CaOx肾结石的用处举例说明自身靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山醫院泌尿产科吴忠专家、周子健搏士于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠客座教授、周子健博土在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱微生物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了系统临床药理学工作,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

短文标题:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 雇主机关单位:华山医生 探究对象图片:大鼠、HK-2细胞核 分组名称信息内容:对应组(Con)、建模组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱提供了技术水平:网格药剂学学探测

思绪工作程序流程图

钻研效果

深入分析分析人工第一个打造大鼠模式,在生物学生物化质量指标和组建病理学学染色法等深入分析分析技术出现 丁酸应该减低CaOx模式大鼠肾CaOx尖晶石的确立和伤害,改变CaOx模式大鼠的宫颈炎症伤害和防氧化反应元素的过多展示。还有就是,丁酸还可抑制作用草酸成脂的HK-2細胞伤害、防氧化反应应激反应和細胞凋亡。 为探索丁酸设计和靶什么是染色体网,理论研究对应联人员从PubChem修改丁酸和丁酸酯的二维和立体设计(图1A)。按照PharmMapper数剧信息库和Uniprot数剧信息库处理后共筛分出117个丁酸靶什么是染色体供进步骤探讨。将什么是染色体汇总加入STRING数剧信息库,直接参与PPI网探讨。Cytoscape总结出了筛选的前20的联络线靶什么是染色体的仔细网图,属于CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。以下联络线什么是染色体与网中的其它的什么是染色体均表演出一些 的对应联性,详细说明以下什么是染色体会挥发着联动的功效。GO和KEGG探讨体现了丁酸联络线什么是染色体的对应联路经和生态学技术学功能键(图1C)。联络线什么是染色体常见与类固醇缴素回话、钝化物应激状态性回话、抗逆性氧细胞膜对类固醇缴素伤害性的影响包括对酸碱性有机化学物资的影响关与。与此同时反映,以下联络线什么是染色体常见直接参与了钝化物应激状态性和对抗逆性氧的生态学技术影响期间,是肾结石建成管理机制中至关首要的路经,这反映丁酸会在肾结石中挥发首要的功效。

图1| 丁酸空间结构与靶人类基因在线讲解(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进一部深入探究丁酸对CaOx肾结石确确实实切靶DNA,探究的人士利用GEO数据报告系统库库对GSE73680中身体差表与CaOx肾结石朋友的DNA对比定性分析做出了探究。差表组与CaOx结石朋友的差异性性对比定性分析把你想表现出来出来DNA(DEGs)人类染色体检测条件为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共建立到3783个DNA发现差异性转变,里面3379个(89.4%)DNA把你想表现出来出来上涨,404个(10.6%)DNA把你想表现出来出来变动(图2A)。对DEGs做出聚类分析法定性分析法定性分析,热图表明了前10个被选中DEGs的二维分层现象聚类分析法定性分析法特征描述(图2B)。接着,探究的人士根据GeneCards数据报告系统库库人工客服检测了370个也许 与CaOx肾结石关于的DNA,的排名前20位的预测分析DNA下列不属于关于性评价图甲2C图示。是为了查到丁酸治療CaOx肾结石的关键点靶点,探究的人士将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石关于DNA操作得到了了了个Venn图。结果英文,CYP2C9被知道为丁酸导致CaOx肾结石的未知靶点(图2D)。再者,探究的人士还做出了丁酸与CYP2C9的大分子无缝对接,CYP2C9的三种酪氨酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸共同用途,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在运用网药学学分析预测CYP2C9是丁酸影响到CaOx肾结石的靶DNA后,论述人士还顺利通过体组织细胞调查得知了CYP2C9可拉低草酸引诱的HK-2体组织细胞的ROS水平面、炎症病变挫裂伤和凋亡。

图2| 大多数据库联手分析一下预计CYP2C9是丁酸用处于CaOx肾结石的靶DNA

设计但是

本研究探讨前提是感觉丁酸在离体和身体内均能限制CaOx肾结石建模 的钝化应激性反应和真菌感染断裂,后来借助网站药学学筛分受到丁酸影晌CaOx肾结石的潜在的靶点——CYP2C9,后面借助内部研究是因为CYP2C9在草酸盐引诱的HK-2内部ROS水平方向、真菌感染断裂和凋亡。一些感觉是因为丁酸应该借助限制CYP2C9来限制CaOx肾结石的钝化应激性反应,得到缓解真菌感染断裂。此全过程中拜谱菌物制品增加了网站药学学技术工艺水平功能管理,前者拜谱菌物制品可增加成长期成熟的遗传基因组学、球营养素组学、代谢率组学等几组学软件及技术工艺水平功能管理,受欢迎拨打电话详询! 关联性论文文献综述:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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