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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已屏幕上显示出大量的怪物生物，具有抗肿癌和抵抗疾病毒帮助。通畅，三萜是能够甲羟戊酸条件结合的，并从当然草木和病菌中分离出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上收录了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的钻研分析论文范文。该钻研分析看到三萜类化学物质虫草酸（GA）是采用液态培植的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物有效的转化出现的。经过转录组和球脂肪酸组学工艺进步探险无柄虫草菌丝体中DHT出现几种虫草酸（GA）的原则，并要根据两组学工艺判断到的对比分析什么是基因和对比分析球血清，猜测DHT 菌物转化成 GA 的手段。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和模块分类管理

顺利通过对无柄虫草病菌菌丝体进行转录组测序共有67230个转录本和14297个单表观遗传。在这样单表观遗传中，494个被技术鉴定为不同之处描述表观遗传（DEGs），当中213个描述调整，279个描述变动（图1A）。GO含有浅析后，DEGs以分成怪物整个步骤（BP）、癌细胞系含量（CC）和碳原子能力（MF）3类。在BP类型中，冒出了前3个子类型：抗菌药分离分解分解分泌整个步骤，醋酸钠盐分解分解分泌整个步骤和甲酸盐分解分解分泌整个步骤;而在CC类型中，癌细胞系外区、突触pp体、突触的结构是前3个亚类。这对MF类型，甲酸脱氢酶（NAD）特异性、防氧化复原酶特异性和酸氨（或酰胺）接酶特异性是前3个亚类型（图1B）。在DEGs的KEGG通道浅析中，前30条含有度高的通道含有27条属分解分解分泌，当中二氧化氮分解分解分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐分解分解分泌、丙酸盐分解分解分泌数据信息通道有明显含有（图1D）。

图1|转录成分析和特点几大类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

可以按照对无柄灵芝粉念珠菌菌丝体决定核核血清酶酶质组学研究研究了解，总计有决定了16,457种特点肽、2606种核核血清酶酶质和2588种一定量核核血清酶酶质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的建立因素下，在这里2606种核核血清酶酶质中，94种被鉴定费为不同体现方法核核血清酶酶（DEPs），至少52种上浮，42种再降（图2A），图2C出现了不同体现方法核核血清酶酶的聚类研究了解研究研究了解热图。从GO研究研究了解看看，BP类目出现，几乎数DEPs操作冰醋酸盐产生的时候、抗菌素葡萄糖脱色的产生的时候和治疗药物葡萄糖脱色的产生的时候。CC类DEPs在血受损细胞结构系外区、过脱色物酶体和微体中的正比为最底，脱色还原系统酶可溶性氧和甲酸脱氢酶（NAD）可溶性氧在MF类中DEPs的正比最底（图2B）。与转录组没想到类似，KEGG径路研究研究了解出现，多个DEPs在产生中聚集，至少3条最聚集的经过是光合怪物体中的碳不变、碳产生和MAPK4g信号径路（图2D）。凡此种种，可以按照研究研究了解GO数据报告库的CC对DEPs决定亚血受损细胞结构系定位功能研究研究了解和注解（图2E），DEPs大部分区域在血受损细胞结构系质（40.66%）、血受损细胞结构系膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论研究上是GAs怪物体结合的大部分角度。

图2|蛋清质组的化学发光法了解和模块确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物应用和较组侯选DEGs和DEPs创作了维恩图，有20个文化差异理解方式遗传什么是染色体（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组总共的DEGs/DEPs来聚类算法定性浅析，发现mRNA和蛋清质中有14个调整遗传什么是染色体和4个上涨遗传什么是染色体，DEGs两者之中翻譯的DEPs理解方式层次呈正想关，来源于Pearson的想关因子定性浅析，在转录组和蛋清质组中检侧到取决于较高的想关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）测量结论界面显示，E组和C组14个DEGs的理解含量对比分析更为明显，其中的9个为调整DEGs，2为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的理解走势与转录混合物析结论相同。

图3|蛋白酶质组的化学发光法分享和实用功能校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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